ダックスフントは、非常に多くの毛色があることで知られている。また、毛質ごとにその色は分かれる。
スムーズヘアードとロングへアードは単色と２色、その他の色があって、単色はレッド、シェイディッド・レッド（レッドの毛先がわずかに黒いもの）イエロー（クリーム）、レディッシュ・イエロー、二色はブラック・タン、チョコレート・タン、その他はダップル・カラー（斑）とブリンドルがある。
一方ワイヤーへアードは、ワイルド・ボアー・カラー（野猪色）、ソルト・アンド・ペッパー（ごま塩色）、パイボールドなどがある。
近年ロングヘアードのパイボールドなど新しく作出された毛色が見られる。ちなみに異毛種間での交雑は認められておらず、本来は血統書は発行されない。発行される血統書においても繁殖に注意が促されている毛色である。
