ダックスフントの起源は古く、最も古いものでは古代エジプトの壁画にダックスフントと酷似する犬種が刻まれている。しかし、現在のダックスフントの起源は中世ヨーロッパであると考えるのが妥当であろう。
現在のダックスフントは、スイスのジュラ山岳地方のジュラ・ハウンドが祖先犬と言われ、12世紀頃、ドイツやオーストリアの山岳地帯にいた中型ピンシェルとの交雑によって今日のスムーズヘアード種の基礎犬が作られたと伝えられている。当時は体重10〜20kgと大きかったようで、シュナウザーを配して、更に他のテリアによってワイヤーヘアード種ができた。またロングヘアード種は15世紀頃、スパニエルとの交雑によって作出されたが、どこでなされたのかは定かではない。
本来、ダックスフントは名前の表す通り、体重15kg程もある穴熊を猟る為や、負傷した獲物の捜索及び追跡の為に農夫などによって改良された犬種で、「Bracken（狩猟）」の時代から特に地下での狩猟に適するよう繁殖されてきた歴史がある。当時、ダックスフントはドイツ国内においてはテッケルやテカル、ダッケルと呼んでいたと言われている。
19世紀頃、ミニチュアとカニンヘン（兎という意味）がスタンダードが入ることのできない小さな穴に入って、穴熊のみならず、ネズミや穴ウサギ、テンを猟るために改良されて誕生したようである。また、この頃からアメリカや他の国へも少しずつ輸出されるようになったらしく、そのダックスフンドの繁殖に尽力していたと言われる最古のクラブは、1888年に創立されたドイツテッケルクラブ（Deutscher
Teckelklub）である。
